Đối tượng nộp lệ phí là tổ chức được cấp Giấy phép hoạt động cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán theo quy định tại khoản 4 Điều 4 Nghị định số 101/2012/NĐ-CP ngày 22 tháng 11 năm 2012 của Chính phủ về thanh toán không dùng tiền mặt phải nộp lệ phí theo hướng dẫn tại Thông tư này.
Cơ quan thu lệ phí là Ngân hàng Nhà nước Việt Nam có nhiệm vụ tổ chức thu, nộp và quản lý sử dụng lệ phí cấp Giấy phép hoạt động cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán theo hướng dẫn tại Thông tư này.
Mức thu lệ phí cấp Giấy phép hoạt động cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán đối với cấp lần đầu là 10.000.000 đồng/01 giấy phép; cấp lại là 5.000.000 đồng/01 giấy phép. Lệ phí cấp Giấy phép hoạt động cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán thu bằng Đồng Việt Nam (VNĐ).
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 03 tháng 7 năm 2015. Các nội dung khác liên quan đến việc thu, nộp, quản lý sử dụng, công khai chế độ thu lệ phí không hướng dẫn tại Thông tư này được thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24 tháng 7 năm 2002 và Thông tư số 45/2006/TT-BTC ngày 25 tháng 5 năm 2006 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24 tháng 7 năm 2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về phí và lệ phí; Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06 tháng 11 năm 2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22 tháng 7 năm 2013 của Chính phủ và Thông tư số 153/2012/TT-BTC ngày 17 tháng 9 năm 2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc in, phát hành, quản lý và sử dụng các loại chứng từ thu tiền phí, lệ phí thuộc ngân sách nhà nước và các văn bản sửa đổi, bổ sung (nếu có).