Theo đó, đối tượng nộp phí, lệ phí là tổ chức, cá nhân khi nộp hồ sơ đề nghị cơ quan có thẩm quyền cấp Giấy phép, Giấy chứng nhận, Giấy xác nhận trong hoạt động hóa chất; phê duyệt Kế hoạch phòng ngừa, ứng phó sự cố hóa chất và phê duyệt Biện pháp phòng ngừa, ứng phó sự cố hóa chất thì phải nộp phí, lệ phí theo quy định tại Thông tư này.
Cơ quan thu phí, lệ phí là Cơ quan có thẩm quyền cấp Giấy phép, Giấy chứng nhận, Giấy xác nhận trong hoạt động hóa chất; phê duyệt Kế hoạch phòng ngừa, ứng phó sự cố hóa chất và phê duyệt Biện pháp phòng ngừa, ứng phó sự cố hóa chất có nhiệm vụ tổ chức thu, nộp và quản lý sử dụng phí, lệ phí trong hoạt động hóa chất theo quy định tại Thông tư này
Theo Thông tư, lệ phí cấp mới Giấy phép sản xuất hoặc kinh doanh hóa chất là 200.000 đồng/giấy phép; lệ phí cấp lại là 100.000 đồng/giấy phép.
Thông tư cũng quy định mức phí phê duyệt Kế hoạch phòng ngừa, ứng phó sự cố hóa chất là 36.000.000 đồng/ bộ hồ sơ; Phí phê duyệt Biện pháp phòng ngừa, ứng phó sự cố hóa chất là 8.000.000 đồng/ bộ hồ sơ. Ngoài ra, còn quy định cụ thể mức thu đối với các loại phí như Phí thẩm định cấp Giấy phép sản xuất, kinh doanh hóa chất thuộc Danh mục hóa chất hạn chế sản xuất, kinh doanh trong ngành công nghiệp; Phí thẩm định cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện sản xuất, kinh doanh hóa chất thuộc Danh mục hóa chất sản xuất, kinh doanh có điều kiện trong ngành công nghiệp.....
Phí, lệ phí trong hoạt động hóa chất là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước. Cơ quan thu lệ phí trong hoạt động hóa chất nộp 100% tổng số tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước theo Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành. Các khoản chi phí liên quan đến công tác thu lệ phí trong hoạt động hóa chất được ngân sách nhà nước cấp theo dự toán được duyệt hàng năm. Cơ quan thu phí trong hoạt động hóa chất được để lại 90% trên số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho việc thu phí theo các nội dung chi quy định tại Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24 tháng 7 năm 2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về phí và lệ phí và Thông tư số 45/2006/TT-BTC ngày 25 tháng 5 năm 2006 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24 tháng 7 năm 2002 của Bộ Tài chính. Số tiền còn lại 10% cơ quan thu phí phải nộp vào ngân sách nhà nước theo Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 20 tháng 7 năm 2015. Các nội dung khác liên quan đến việc thu, nộp, quản lý, công khai chế độ thu phí, lệ phí không hướng dẫn tại Thông tư này được thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24 tháng 7 năm 2002 và Thông tư số 45/2006/TT-BTC ngày 25 tháng 5 năm 2006 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24 tháng 7 năm 2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về phí và lệ phí; Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06 tháng 11 năm 2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22 tháng 7 năm 2013 của Chính phủ và Thông tư số 153/2012/TT-BTC ngày 17 tháng 9 năm 2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc in, phát hành, quản lý và sử dụng các loại chứng từ thu tiền phí, lệ phí thuộc ngân sách nhà nước và các văn bản sửa đổi, bổ sung (nếu có).