Theo đó, Khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất được áp dụng quy định đối với khu phi thuế quan trừ ưu đãi riêng đối với khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu. Doanh nghiệp chế xuất được quy định trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc trong văn bản của cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền trong trường hợp không phải thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.
Khu chế xuất hoặc doanh nghiệp chế xuất được ngăn cách với lãnh thổ bên ngoài bằng hệ thống tường rào, có cổng và cửa ra, vào, bảo đảm điều kiện cho sự kiểm tra, giám sát, kiểm soát của cơ quan hải quan và các cơ quan chức năng có liên quan.
Doanh nghiệp chế xuất được mua vật liệu xây dựng, văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng từ nội địa Việt Nam để xây dựng công trình, phục vụ cho điều hành bộ máy văn phòng và sinh hoạt của cán bộ, công nhân làm việc tại doanh nghiệp. Doanh nghiệp chế xuất, người bán hàng cho doanh nghiệp chế xuất được lựa chọn thực hiện hoặc không thực hiện thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu và hải quan đối với vật liệu xây dựng, văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng từ nội địa Việt Nam.
Thủ tục hải quan, kiểm tra và giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất thực hiện theo pháp luật về hải quan.
Quan hệ trao đổi hàng hóa giữa các khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất với các khu vực khác trên lãnh thổ Việt Nam, không phải khu phi thuế quan, là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu trừ các trường hợp quy định tại Khoản 3 Điều 21 Nghị định số 29/2008/NĐ-CP và các trường hợp không làm thủ tục hải quan do Bộ Tài chính quy định.
Doanh nghiệp chế xuất được bán vào thị trường nội địa tài sản thanh lý của doanh nghiệp và các hàng hóa theo quy định của pháp luật về đầu tư và thương mại. Tại thời điểm bán, thanh lý vào thị trường nội địa không áp dụng chính sách quản lý hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trừ trường hợp hàng hóa thuộc diện quản lý theo điều kiện, tiêu chuẩn, kiểm tra chuyên ngành chưa thực hiện khi nhập khẩu; hàng hóa quản lý bằng giấy phép thì phải được cơ quan cấp phép nhập khẩu đồng ý bằng văn bản.
Cán bộ, công nhân viên làm việc trong khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất khi mang ngoại hối từ nội địa Việt Nam vào khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất và ngược lại không phải khai báo hải quan.
Doanh nghiệp chế xuất được cấp Giấy phép kinh doanh hoạt động mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan trực tiếp đến mua bán hàng hóa tại Việt Nam phải mở sổ kế toán hạch toán riêng doanh thu, chi phí liên quan đến hoạt động mua bán hàng hóa tại Việt Nam và bố trí khu vực lưu giữ hàng hóa ngăn cách với khu vực lưu giữ hàng hóa phục vụ hoạt động sản xuất của doanh nghiệp chế xuất hoặc thành lập chi nhánh riêng nằm ngoài doanh nghiệp chế xuất, khu chế xuất để thực hiện hoạt động này.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 25 tháng 12 năm 2015. Bãi bỏ Khoản 9 Điều 1 Nghị định số 164/2013/NĐ-CP ngày 12 tháng 11 năm 2013 của Chính phủ về sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14 tháng 3 năm 2008 của Chính phủ quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất và khu kinh tế.