Theo đó, Danh mục bí mật Nhà nước độ Tuyệt mật của ngành Y tế gồm những tin, tài liệu trong phạm vi sau: Chiến lược, kế hoạch của ngành Y tế phục vụ nhiệm vụ an ninh, quốc phòng; Chủng loại, số lượng, khu vực bảo quản thuốc và trang thiết bị y tế thuộc danh mục dự trữ quốc gia; Văn bản có sử dụng tin, tài liệu thuộc Danh mục bí mật Nhà nước độ Tuyệt mật của các cơ quan, tổ chức khác.
Danh mục bí mật Nhà nước độ Tối mật của ngành Y tế gồm những tin, tài liệu trong phạm vi: Nội dung đàm phán, các văn bản ký kết với nước ngoài thuộc lĩnh vực y tế và những tài liệu của nước ngoài hoặc các tổ chức quốc tế chuyển giao cho Việt Nam thuộc lĩnh vực y tế mà giữa các bên có thỏa thuận không công bố hoặc chưa công bố; Kế hoạch, hồ sơ, tài liệu bảo vệ sức khỏe lãnh đạo cao cấp của Đảng và Nhà nước không công bố hoặc chưa công bố; Chủng, giống vi sinh vật mới phát hiện có liên quan đến sức khỏe, tính mạng của con người chưa xác định được không công bố hoặc chưa công bố; Kết quả điều tra, nghiên cứu khoa học ở cấp Quốc gia trong lĩnh vực y tế không công bố hoặc chưa công bố; Chủ trương của Đảng và Nhà nước về hoạt động khắc phục hậu quả chất độc hóa học sử dụng trong chiến tranh ở Việt Nam không công bố hoặc chưa công bố; Văn bản có sử dụng tin, tài liệu thuộc Danh mục bí mật Nhà nước độ Tối mật của các cơ quan, tổ chức khác.
Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2016. Quyết định số 168/2004/QĐ-TTg ngày 22 tháng 9 năm 2004 của Thủ tướng Chính phủ về Danh mục bí mật Nhà nước độ Tuyệt mật và Tối mật trong ngành Y tế hết hiệu lực kể từ ngày Quyết định này có hiệu lực thi hành.