Theo Nghị định này Khoản 1, Điều 14 được sửa đổi, bổ sung như sau: “Xây dựng kế hoạch đầu tư, cải tạo, nâng cấp kết cấu hạ tầng đường sắt trình Bộ Giao thông vận tai; xây dựng dự toán ngân sách về quản lý, bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt; xây dựng phương án hoạt động ứng phó sự cố thiên tai, cứu nạn đường sắt trình cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt”.
Bổ sung vào Phụ lục I Mục A các đơn vị: Chi nhánh Khai thác đường sắt Hà Nội; Chi nhánh Khai thác đường sắt Lào Cai; Chi nhánh Khai thác đường sắt Hà Lào; Chi nhánh Khai thác đường sắt Hà Lạng; Chi nhánh đường sắt Hà Thái Hải; Chi nhánh đường săt Hà Thanh; Chi nhánh Khai thác đường sắt Nghệ Tĩnh; Chi nhánh Khai thác đường sắt Thừa Thiên- Huế; Chi nhánh đường sắt Nghĩa Bình; Chi nhánh Khai thác đường săt Phú Khánh; Chi nhánh Khai thác đường sắt Sài Gòn; Chi nhánh Ga Đồng Đăng.
Bổ sung Phụ lục II bao gồm: Bổ sung vào Mục I gồm: Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Vận tải đường sắt Hà Nội; Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Vận tải đường sắt Sài Gòn và Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Xe lửa Gia Lâm vào danh mục các công ty do Tổng công ty Đường sắt Việt Nam nắm giữ 100% vốn Điều lệ; Bổ sung vào Mục III gồm: Công ty cổ phần Đầu tư phát triển hạ tầng và đô thị Đường sắt; Công ty cổ phần Đầu tư và Xây dựng Giao thông vận tải; Công ty cổ phần In đường sắt Sài Gòn và công ty cổ phần Đường sắt vào danh sách các công ty do Tổng công ty Đường sắt Việt Nam nắm giữ dưới 50% vốn điều lệ.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 10 tháng 10 năm 2015 và bãi bỏ Điểm o, Khoản 1, Điều 1; Khoản 3, Điều 2; Khoản 2,3,8,15,16 và 17 Điều 14; Khoản 3,4,5 Mục A, Khoản 5,9,và 10 Mục B Phụ lục I; Khoản 22, 23, 24 Mục I; Khoản 1,3 và 7 Mục II; Khoản 13, 14 và 16 Mục III Phụ lục II của Nghị định số 175/2013/NĐ-CP. Thay cụm từ “Đường sắt Việt Nam” thành cụm từ “Tổng công ty Đường sắt Việt Nam” và thay cụm từ “tổ hợp công ty mẹ - công ty con” thành cụm từ “nhóm công ty mẹ - công ty con” từ Điều 1 đến Điều 73 và 02 phụ lục kèm theo Nghị định số 175/2013/NĐ-CP./.