Theo đó, Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ Quốc gia hoạt động không vì mục đích lợi nhuận, có chức năng tài trợ, cho vay, bảo lãnh vốn, cấp kinh phí để thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ; hỗ trợ hoạt động nâng cao năng lực khoa học và công nghệ quốc gia. Quỹ là đơn vị sự nghiệp, trực thuộc Bộ Khoa học và Công nghệ, có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và tại các ngân hàng trong nước.
Đối tượng tài trợ của Quỹ là các nhiệm vụ khoa học và công nghệ do tổ chức, cá nhân đề xuất như nhiệm vụ nghiên cứu cơ bản, nhiệm vụ nghiên cứu ứng dụng, nhiệm vụ khoa học và công nghệ đột xuất có ý nghĩa quan trọng về khoa học và thực tiễn, nhiệm vụ khoa học và công nghệ tiềm năng.
Nghị định cũng quy định nguyên tắc tài trợ, cho vay, bảo lãnh vốn vay, hỗ trợ của Quỹ như sau:
- Nhiệm vụ khoa học và công nghệ do tổ chức, cá nhân đề xuất tài trợ, cho vay, bảo lãnh vốn vay của Quỹ được xét chọn công khai, dân chủ, bình đẳng thông qua Hội đồng khoa học và công nghệ do Quỹ thành lập. Trong trường hợp cần thiết, Quỹ lấy thêm ý kiến tư vấn của chuyên gia tư vấn độc lập trước khi quyết định. Hoạt động nâng cao năng lực khoa học và công nghệ quốc gia được xem xét hỗ trợ công khai, dân chủ, bình đẳng theo các quy định của Bộ Khoa học và Công nghệ.
- Quỹ thực hiện quản lý chất lượng nghiên cứu theo chuẩn mực quốc tế. Nội dung nghiên cứu của nhiệm vụ khoa học và công nghệ do Quỹ tài trợ không được trùng lắp với các nghiên cứu đã hoặc đang thực hiện bằng nguồn vốn của Quỹhoặc nguồn vốn khác của Nhà nước.
- Quỹ tài trợ, cho vay, bảo lãnh vốn vay để thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia và tương đương (có ý nghĩa tầm quốc gia hoặc liên ngành, vùng) do tổ chức, cá nhân đề xuất.
Ngoài ra, một số nhiệm vụ, quyền hạn của Quỹ cũng được quy định trong Nghị định như: Tiếp nhận các nguồn vốn của Nhà nước, tổ chức, cá nhân; các khoản đóng góp tự nguyện của tổ chức, cá nhân trong nước và tổ chức, cá nhân nước ngoài. Tổ chức thực hiện tài trợ, cho vay, bảo lãnh vốn vay, hỗ trợ các hoạt động nâng cao năng lực khoa học và công nghệ quốc gia, cấp kinh phí đối với các nhiệm vụ khoa học và công nghệ do Bộ Khoa học và Công nghệ trực tiếp quản lý; Công bố các định hướng ưu tiên, nội dung, yêu cầu và thể thức cụ thể để mọi tổ chức, cá nhân đề xuất nhiệm vụ khoa học và công nghệ đề nghị Quỹ tài trợ, cho vay, bảo lãnh vốn vay và hỗ trợ; Tổ chức việc xét chọn và thẩm định kinh phí nhiệm vụ khoa học và công nghệ, các hoạt động nâng cao năng lực khoa học và công nghệ quốc gia để Quỹ tài trợ, cho vay, bảo lãnh vốn vay và hỗ trợ; Kiểm tra, đánh giá về nội dung chuyên môn và tình hình thực hiện tài chính của các nhiệm vụ khoa học và công nghệ, các hoạt động nâng cao năng lực khoa học và công nghệ quốc gia được Quỹ tài trợ, cho vay, bảo lãnh vốn vay và hỗ trợ; Tổ chức đánh giá nghiệm thu kết quả thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ do Quỹ tài trợ; Đình chỉ hoặc trình cơ quan có thẩm quyền đình chỉ việc tài trợ, cho vay, bảo lãnh vốn vay, hỗ trợ, cấp kinh phí hoặc thu hồi kinh phí đã tài trợ, cho vay, hỗ trợ, cấp phát, từ chối trả nợ thay khi phát hiện tổ chức, cá nhân vi phạm các quy định về sử dụng vốn của Quỹ và các quy định pháp luật có liên quan; Nhận ủy thác tổ chức thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ của tổ chức, cá nhân; Giải quyết khiếu nại, tố cáo, kiến nghị liên quan đến hoạt động của Quỹ theo quy định của pháp luật….
Nghị định này có hiệu lực kể từ ngày 01/6/2014, thay thế Điều lệ tổ chức và hoạt động của Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ Quốc gia được ban hành kèm theo Nghị định số 122/2003/NĐ-CP ngày 22/10/2003 của Chính phủ về việc thành lập Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ Quốc gia.