Theo đó, Thông tư này quy định về tổ chức và hoạt động thanh tra các kỳ thi bao gồm: Thi tuyển sinh vào trung học phổ thông, thi tốt nghiệp trung học phổ thông; thi tuyển sinh để đào tạo trình độ đại học; thạc sĩ; thi/kiểm tra (gọi chung là thi) hết học phần, học kỳ, hết năm học; thi cấp chứng chỉ ngoại ngữ, tin học; thi học sinh giỏi; Xét tuyển vào trung học cơ sở, trung học phổ thông; xét tuyển để đào tạo trình độ đại học, thạc sĩ, tiến sĩ; xét tốt nghiệp trung học cơ sở, trung học phổ thông, đại học, thạc sĩ, tiến sĩ; Việc tổ chức thực hiện và đánh giá đồ án, khóa luận tốt nghiệp, luận văn, luận án (gọi chung là luận văn, luận án) trong các đại học, học viện, trường đại học, viện nghiên cứu khoa học (gọi chung là cơ sở giáo dục đại học).
Nguyên tắc hoạt động thanh tra các kỳ thi: Phải tuân theo quy định pháp luật; bảo đảm chính xác, khách quan, trung thực, công khai, dân chủ, kịp thời; Không trùng lặp về phạm vi, đối tượng, nội dung, thời gian thanh tra giữa các cơ quan thực hiện chức năng thanh tra; không làm cản trở hoạt động bình thường của cơ quan, tổ chức, cá nhân là đối tượng thanh tra; Kết hợp giữa phát hiện, ngăn chặn, xử lý kịp thời các hành vi vi phạm quy chế với việc hướng dẫn thực hiện quy chế; Phối hợp chặt chẽ giữa hoạt động thanh tra với hoạt động kiểm tra; phối hợp giữa thanh tra nhà nước với thanh tra nội bộ của cơ sở giáo dục đại học.
Về mục đích hoạt động thanh tra các kỳ thi, Thông tư quy định: Thanh tra các kỳ thi nhằm đánh giá việc thực hiện các quy định về thi, xét tuyển, xét công nhận tốt nghiệp, tổ chức thực hiện và đánh giá luận văn, luận án của đơn vị, tổ chức, cá nhân tham gia; Phòng ngừa, phát hiện và kiến nghị xử lý những trường hợp vi phạm quy chế; giúp cơ quan quản lý giáo dục, cơ sở giáo dục làm tốt công tác thi, xét tuyển, xét công nhận tốt nghiệp, tổ chức thực hiện và đánh giá luận văn, luận án; Kịp thời kiến nghị cơ quan quản lý giáo dục các cấp có biện pháp để đảm bảo các kỳ thi diễn ra an toàn, nghiêm túc, đúng quy chế; Giải quyết hoặc kiến nghị giải quyết các khiếu nại, tố cáo về thi, xét tuyển, xét công nhận tốt nghiệp, tổ chức thực hiện và đánh giá luận văn, luận án; Phát hiện sơ hở trong cơ chế quản lý, chính sách, pháp luật về thi, xét tuyển, xét công nhận tốt nghiệp, tổ chức thực hiện và đánh giá luận văn, luận án để kiến nghị với cơ quan nhà nước có thẩm quyền biện pháp khắc phục.
Ngoài ra, Thông tư cũng quy định một số nội dung thanh tra như sau:
Thanh tra công tác chuẩn bị thi: Việc quán triệt, ban hành văn bản chỉ đạo thực hiện nhiệm vụ của Giám đốc Sở GD&ĐT, Giám đốc đại học, học viện, người đứng đầu cơ sở giáo dục, Chủ tịch hội đồng thi theo thẩm quyền, cụ thể: Thẩm quyền ban hành văn bản, loại văn bản ban hành; Phạm vi điều chỉnh và nội dung văn bản;
Việc tuyên truyền, phổ biến nội dung quy định,ội quy chế thi. Việc thành lập các ban thuộc Hội đồng thi và tổ chức tập huấn cho thành phần tham gia các ban; việc thông báo kế hoạch thi, lịch thi và thời gian biểu: Thẩm quyền ban hành quyết định thành lập các ban, số lượng, tên gọi các ban theo quy định; Thành phần, số lượng, tiêu chuẩn và điều kiện của trưởng ban, thành viên các ban thuộc Hội đồng thi; Việc huy động và tổ chức tập huấn cho các đối tượng tham gia công tác thi; Việc công khai các thông tin tại Hội đồng thi, điểm thi, phòng thi.
Việc tiếp nhận hồ sơ và thực hiện các quy định đối với thí sinh: Thời gian, địa điểm và hình thức phát, nhận hồ sơ; Việc hướng dẫn thí sinh hoàn thiện hồ sơ, giấy tờ hợp lệ, hợp pháp xác nhận về kết quả học tập, diện ưu tiên, diện miễn thi, điểm khuyến khích, điểm bảo lưu, thí sinh tự do, thời gian kinh nghiệm công tác và các điều kiện khác đối với thí sinh.
Việc chuẩn bị cơ sở vật chất và đề thi phục vụ kỳ thi: Số lượng các điểm thi, phòng thi, điều kiện về ánh sáng, khoảng cách giữa các thí sinh; Việc ngăn cách khu vực thi, phòng thi với khu vực khác; việc niêm phong các phòng không sử dụng trong khu vực thi, vô hiệu hóa các phương tiện thông tin liên lạc không sử dụng, tín hiệu internet trong khu vực thi; Việc chuẩn bị kinh phí, văn phòng phẩm phục vụ kỳ thi; Phương án phối hợp với các đơn vị có liên quan tổ chức kỳ thi, phương án xử lý sự cố bất thường; Việc thực hiện quy định về ra đề thi, in, sao, bảo mật, giao, nhận, vận chuyển, bảo vệ đề thi.
Thanh tra công tác chấm thi: Thanh tra công tác chuẩn bị chấm thi; Thanh tra trong khi chấm thi; Việc thực hiện quy trình nhập điểm; Việc tổ chức chấm phúc khảo
Thanh tra điều kiện tổ chức thực hiện luận văn, luận án: Việc ban hành quy định của đơn vị về việc tổ chức thực hiện luận văn, luận án. Điều kiện tổ chức thực hiện luận văn, luận án (Việc hoàn thành chương trình học tập theo quy định; Việc thực hiện quy định về điểm điều kiện, chuyên cần; Điều kiện, tiêu chuẩn người hướng dẫn luận văn, luận án; thời gian tổ chức thực hiện luận văn, luận án); Quy trình lựa chọn đề tài, phân công cán bộ hướng dẫn; Xem xét, đối chiếu với quy định về trình độ chuyên môn, chuyên ngành của người hướng dẫn luận văn, luận án và chuyên ngành của luận văn, luận án đang hoặc dự kiến tham gia hướng dẫn; Việc xây dựng kế hoạch nghiên cứu, tổ chức thực hiện luận văn, luận án của người học và người hướng dẫn; trách nhiệm chỉ đạo, hướng dẫn và tổ chức thực hiện của khoa, đơn vị chuyên môn; Những thay đổi trong quá trình tổ chức thực hiện luận văn, luận án.
Thanh tra việc tổ chức đánh giá luận văn, luận án: Điều kiện để được thành lập hội đồng chấm luận văn, luận án; Thẩm quyền của người ra quyết định thành lập hội đồng chấm luận văn, luận án; thành phần, số lượng, trình độ chuyên môn, chuyên ngành của người tham gia hội đồng chấm luận văn, luận án; Hình thức, địa điểm họp hội đồng chấm luận văn, luận án; Trình tự, thời gian tổ chức chấm luận văn, luận án; Việc lên điểm, báo cáo, lưu trữ và giải quyết khiếu nại, giải quyết tố cáo trong quá trình tổ chức thực hiện và đánh giá luận văn, luận án.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 28 tháng 11 năm 2016. Thông tư này thay thế Quyết định số 41/2006/QĐ-BGDĐT ngày 16 tháng 10 năm 2006 của Bộ trưởng Bộ GD&ĐT ban hành kèm theo Quyết định này Quy định về tổ chức và hoạt động thanh tra các kỳ thi.