Qua quá trình triển khai thi hành, Thông tư số 03/2013/TT-BTP đã đạt được những kết quả nhất định, từng bước đưa hoạt động quản lý nhà nước về công tác bồi thường đi vào nề nếp, góp phần nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước về công tác bồi thường nói chung và trong hoạt động quản lý hành chính nói riêng.
Bên cạnh những kết quả đã đạt được, Thông tư số 03 cũng bộc lộ một số hạn chế, bất cập nhất định như: chưa hướng dẫn cụ thể về nội dung theo dõi, đôn đốc hoạt động giải quyết bồi thường cũng như thẩm quyền, căn cứ và nội dung theo dõi việc chi trả tiền bồi thường và việc xem xét trách nhiệm hoàn trả; chưa có quy định để đôn đốc các cơ quan có trách nhiệm giải quyết dứt điểm các vụ việc giải quyết kéo dài khi mà cơ quan đó không thực hiện nhiệm vụ đôn đốc hoặc thực hiện nhưng không có kết quả; chưa hướng dẫn cụ thể về đôn đốc việc chi trả tiền bồi thường và việc xem xét trách nhiệm hoàn trả; chưa quy định về trình tự, thủ tục tiến hành kiểm tra, biện pháp xử lý đối với trường hợp sau khi kiểm tra nếu cơ quan có trách nhiệm bồi thường không thực hiện đúng theo yêu cầu của cơ quan kiểm tra...
Do đó, nội dung của Thông tư số 13/2015/TT-BTP tập trung vào việc sửa đổi, bổ sung một số nội dung lớn của Thông tư số 03/2013/TT-BTP nhằm khắc phục những hạn chế, bất cập và nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước về công tác bồi thường, nâng cao hiệu quả của họat động giải quyết bồi thường trong hoạt động quản lý hành chính.
Thông tư số 13/2015/TT-BTP ngày 29/9/2015 có hiệu lực thi hành kể từ ngày 12/11/2015. Các quy định trước đây trái với Thông tư này đều bị bãi bỏ.