Nghị định này quy định về hành vi vi phạm, hình thức xử phạt, mức xử phạt, biện pháp khắc phục hậu quả đối với hành vi vi phạm hành chính, thẩm quyền xử phạt và thẩm quyền lập biên bản vi phạm hành chính trong lĩnh vực giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật. Đối với mỗi hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật, tổ chức, cá nhân phải chịu một trong các hình thức xử phạt chính là cảnh cáo hoặc phạt tiền. Mức phạt tiền tối đa trong lĩnh vực giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật đối với cá nhân là 50.000.000 đồng, đối với tổ chức là 100.000.000 đồng.
Đối với vi phạm về điều kiện sản xuất, kinh doanh giống cây trồng chính, phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng đối với một trong các hành vi vi phạm về điều kiện kinh doanh giống cây trồng chính đã quy định: Không có địa điểm kinh doanh và cơ sở vật chất kỹ thuật phù hợp với từng loài cây trồng, từng cấp giống; Không có hoặc không thuê nhân viên kỹ thuật có trình độ từ trung cấp Trồng trọt, Bảo vệ thực vật trở lên hoặc có chứng chỉ đào tạo về kỹ thuật sản xuất giống cây trồng chính.
Phạt tiền từ 10.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng đối với một trong các hành vi vi phạm về điều kiện sản xuất giống cây trồng chính với mục đích thương mại: Địa điểm sản xuất không phù hợp với quy hoạch của ngành nông nghiệp; yêu cầu sản xuất của từng loài cây trồng, từng cấp giống đã quy định; Không có cơ sở vật chất và trang thiết bị kỹ thuật phù hợp với quy trình kỹ thuật sản xuất từng loài cây trồng, từng cấp giống đã quy định; Không có hoặc không thuê nhân viên kỹ thuật có trình độ từ trung cấp Trồng trọt, Bảo vệ thực vật trở lên hoặc có chứng chỉ đào tạo về kỹ thuật sản xuất giống cây trồng đối với sản xuất giống xác nhận; Không có hoặc không thuê nhân viên kỹ thuật có trình độ từ đại học chuyên ngành Nông học, Trồng trọt, Bảo vệ thực vật trở lên đối với sản xuất giống siêu nguyên chủng, nguyên chủng, giống bố mẹ và hạt lai F1.
Vi phạm quy định về sử dụng thuốc bảo vệ thực vật: Phạt cảnh cáo hoặc phạt tiền từ 200.000 đồng đến 500.000 đồng đối với hành vi vi phạm sử dụng thuốc bảo vệ thực vật không đúng với nội dung hướng dẫn sử dụng ghi trên nhãn, bao gói.
Phạt tiền từ 500.000 đồng đến 1.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sử dụng thuốc bảo vệ thực vật không có tên trong Danh mục thuốc bảo vệ thực vật được phép sử dụng và hạn chế sử dụng ở Việt Nam; sử dụng thuốc bảo vệ thực vật dưới dạng ống tiêm thủy tinh.
Phạt tiền từ 1.000.000 đồng đến 3.000.000 đồng đối với một trong các hành vi vi phạm sau đây: Sử dụng thuốc bảo vệ thực vật cấm sử dụng ở Việt Nam; Sử dụng thuốc bảo vệ thực vật không đúng nội dung hướng dẫn ghi trên bao gói gây nguy hiểm cho người, gia súc và làm ô nhiễm môi trường.
Nghị định cũng quy định mức phạt đối với vi phạm quy định quản lý giấy phép, chứng chỉ hành nghề về bảo vệ và kiểm dịch thực vật: Phạt tiền từ 1.000.000 đồng đến 3.000.000 đồng đối với hành vi vi phạm sử dụng giấy phép, chứng chỉ hành nghề của người khác để hành nghề, bao gồm các giấy tờ sau: Giấy phép nhập khẩu thuốc bảo vệ thực vật; Giấy phép khảo nghiệm thuốc bảo vệ thực vật; Giấy chứng nhận đăng ký thuốc bảo vệ thực vật; Giấy phép kiểm dịch thực vật nhập khẩu, Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật; Chứng chỉ hành nghề sản xuất, gia công, sang chai, đóng gói, buôn bán thuốc bảo vệ thực vật, hành nghề xông hơi khử trùng; Giấy chứng nhận đủ điều kiện hành nghề xông hơi khử trùng; Thẻ xông hơi khử trùng.
Phạt tiền từ 3.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với một trong các hành vi vi phạm cố ý tẩy xóa, sửa chữa làm sai lệch nội dung các loại giấy tờ trên; Giấy chứng nhận kiểm nghiệm chất lượng, dư lượng thuốc bảo vệ thực vật.
Phạt tiền từ 10.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng đối với hành vi vi phạm làm giả các loại giấy tờ, hồ sơ xin cấp các loại giấy tờ trên nhưng chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 20 tháng 11 năm 2013, thay thế các Nghị định số 26/2003/NĐ-CP ngày 03 tháng 6 năm 2003 của Chính phủ quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ và kiểm dịch thực vật; Nghị định số 57/2005/NĐ-CP ngày 27 tháng 4 năm 2005 của Chính phủ quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực giống cây trồng và Nghị định số 172/2007/NĐ-CP ngày 28 tháng 11 năm 2007 của Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 57/2005/NĐ-CP ngày 27 tháng 4 năm 2005 của Chính phủ về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực giống cây trồng.