Cấu trúc của Bộ Pháp điển gồm các phần: Chủ đề, đề mục, phần, chương, mục, điều, ghi chú, chỉ dẫn trong Bộ Pháp điển. Cụ thể:
Bộ pháp điển gồm 45 chủ đề theo quy định tại Điều 7 của Pháp lệnh pháp điển hệ thống quy phạm pháp luật, trường hợp có văn bản quy phạm pháp luật điều chỉnh nhóm quan hệ xã hội chưa thuộc các chủ đề đã có trong Bộ pháp điển thì Bộ trưởng Bộ Tư pháp tự mình hoặc theo đề xuất của cơ quan thực hiện pháp điển đề nghị Chính phủ quyết định bổ sung chủ đề. Đề mục là bộ phận cấu thành của chủ đề, trong đó chứa đựng các quy phạm pháp luật điều chỉnh một nhóm quan hệ xã hội nhất định. Phần, chương, mục là bộ phận cấu thành của đề mục, chứa đựng các điều của Bộ pháp điển. Điều trong Bộ pháp điển là bộ phận cấu thành của phần, chương, mục trong Bộ pháp điển; nội dung của mỗi điều trong Bộ pháp điển là nội dung của điều tương ứng trong văn bản được pháp điển. Ghi chú là việc ghi rõ số thứ tự của điều trong văn bản được pháp điển; số, ký hiệu, tên, ngày tháng năm ban hành, cơ quan ban hành và thời điểm có hiệu lực của văn bản. Chỉ dẫn là việc chỉ ra các đề mục, phần, chương, mục hoặc điều của Bộ pháp điển có nội dung liên quan trực tiếp đến nhau.
Về xử lý, kiến nghị xử lý các quy phạm pháp luật mâu thuẫn, chồng chéo hoặc không còn phù hợp với thực tế: Trường hợp phát hiện có quy phạm pháp luật mâu thuẫn, chồng chéo hoặc không còn phù hợp với thực tế trong văn bản do mình ban hành hoặc trong văn bản liên tịch do mình chủ trì soạn thảo, thì cơ quan thực hiện pháp điển xử lý theo quy định của pháp luật về ban hành văn bản quy phạm pháp luật trước khi sắp xếp các quy phạm pháp luật vào đề mục. Trường hợp phát hiện có quy phạm pháp luật mâu thuẫn, chồng chéo hoặc không còn phù hợp với thực tế trong các văn bản không thuộc trường hợp quy định thì cơ quan thực hiện pháp điển vẫn tiến hành việc pháp điển, đồng thời kiến nghị cơ quan có thẩm quyền xử lý các quy phạm pháp luật mâu thuẫn, chồng chéo hoặc không còn phù hợp với thực tế theo quy định của pháp luật về ban hành văn bản quy phạm pháp luật.
Cũng theo Nghị định, Bộ Tư pháp có trách nhiệm kiểm tra tính đầy đủ, chính xác của kết quả pháp điển quy phạm pháp luật mới ban hành đối với trường hợp quy định tại Khoản 1 Điều 18 của Nghị định này. Trong trường hợp phát hiện kết quả pháp điển các quy phạm pháp luật mới ban hành chưa đầy đủ, chính xác, Bộ Tư pháp đề nghị cơ quan thực hiện pháp điển chỉnh lý. Cơ quan thực hiện pháp điển có trách nhiệm chỉnh lý kết quả pháp điển theo đề nghị của Bộ Tư pháp và gửi kết quả chỉnh lý đến Bộ Tư pháp trong thời hạn 5 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đề nghị.
Bộ Tư pháp cập nhật kết quả pháp điển các quy phạm pháp luật mới ban hành vào Bộ pháp điển tại thời điểm quy phạm pháp luật mới có hiệu thi hành và loại bỏ các quy phạm pháp luật hết hiệu lực khỏi Bộ pháp điển.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15 tháng 8 năm 2013.