Trong quá trình kiểm tra này, cơ quan Hải quan có thể phát hiện các trường hợp gian lận thuế, gian lận thương mại, vi phạm quy định về quản lý XK, NK và thực hiện xử lý đối với các hành vi vi phạm được phát hiện.
Hiện nay, công tác xử lý vi phạm hành chính (VPHC) về hải quan nói chung và xử lý vi phạm phát hiện trong KTSTQ nói riêng được thực hiện chủ yếu dựa trên Nghị định số 97/2007/NĐ-CP ngày 7-6-2007 của Chính phủ quy định việc xử lý vi phạm hành chính và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính trong lĩnh vực hải quan (đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định 18/2009/NĐ-CP ngày 18-2-2009), và một số nghị định khác có quy định về thẩm quyền xử phạt của cơ quan Hải quan như: Nghị định 06/2008/NĐ-CP ngày 16-1-2008 quy định xử phạt VPHC trong lĩnh vực thương mại; Nghị định 06/2009/NĐ-CP ngày 22-1-2009 xử phạt VPHC trong lĩnh vực sản xuất, kinh doanh rượu và thuốc lá; Nghị định số 107/2008/NĐ-CP ngày 22-9-2008 quy định xử phạt VPHC các hành vi đầu cơ, găm hàng, tăng giá quá mức, đưa tin thất thiệt, buôn lậu và gian lận thương mại...
Theo Nghị định số 97/2007/NĐ-CP, hiện có 11 điều khoản (từ Điều 8 đến Điều 18) quy định hành vi vi phạm và hình thức xử phạt đối với cá nhân, tổ chức vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan. Tuy nhiên hiện nay việc xử lý đối với một số hành vi vi phạm phát hiện trong quá trình KTSTQ gặp phải vướng mắc do không áp dụng được chế tài xử phạt bổ sung và biện pháp khắc phục hậu quả dù điều luật có quy định. Nói cách khác, điều khoản xử phạt hầu như chỉ được quy định để áp dụng đối với khâu thông quan mà không sử dụng được để áp dụng cho sau thông quan.
Cụ thể là, một số trường hợp vi phạm phát hiện trong khâu KTSTQ, ngoài biện pháp xử phạt chính, có quy định hình phạt bổ sung và biện pháp khắc phục hậu quả là tịch thu hàng hoá, buộc đưa ra khỏi lãnh thổ Việt Nam hoặc đình chỉ XK. Quy định như vậy gây khó khăn trong quá trình xử lý hành vi vi phạm phát hiện trong quá trình KTSTQ. Vì chỉ ở khâu thông quan, khi hàng hoá chưa hoàn thành thủ tục XK, NK hoặc ở khâu sau thông quan nhưng hàng hoá đã XK, NK nhưng chưa chuyển sở hữu hoặc chưa được tiêu thụ thì mới có thể thực hiện tịch thu hàng hoá, buộc đưa ra khỏi lãnh thổ Việt Nam hoặc đình chỉ XK.
Ví dụ: Khi xử phạt đối với hành vi vi phạm các quy định chính sách quản lý hàng hoá XK, NK (Điều 16 Nghị định số 97/2007/NĐ-CP đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định 18/2009/NĐ-CP) tại Khoản 6 quy định về hình phạt bổ sung và biện pháp khắc phục hậu quả gồm:
Điểm a Khoản 6: Tịch thu hàng hoá nếu vi phạm tại Điểm c Khoản 3 (XK, NK, đưa vào Việt Nam hàng hoá thuộc diện tạm ngừng XK, tạm ngừng NK).
Điểm c Khoản 6: Buộc đưa ra khỏi lãnh thổ Việt Nam hoặc đình chỉ XK đối với vi phạm quy định tại Khoản 2 (XK, NK hàng hoá không đúng nội dung ghi trong giấy phép); Điểm a, b Khoản 3 (tạm nhập tái xuất hàng hoá thuộc diện phải có giấy phép mà không có giấy phép); Điểm c, d, e, g Khoản 4 (XK hàng hoá giả mạo xuất xứ; XK hàng hoá không có giấy phép theo quy định; XK, NK hàng hoá không đủ điều kiện tiêu chuẩn kỹ thuật theo quy định; XK, NK hàng hoá không có nhãn hàng hoá theo quy định pháp luật...).
Trong trường hợp thực hiện KTSTQ, nếu phát hiện các hành vi vi phạm nêu trên, việc áp dụng hình phạt bổ sung và biện pháp khắc phục hậu quả tịch thu, buộc đưa ra khỏi lãnh thổ Việt Nam hoặc đình chỉ XK là không thể thực hiện được vì lúc này hàng hoá đã được thông quan. Như vậy, chế tài đặt cho hành vi vi phạm không mang tính thực thi.
Tương tự, tại Mục 5 quy định về các vi phạm về XK, NK hàng hoá và dịch vụ liên quan đến XK, NK hàng hoá của Nghị định 06/2008/NĐ-CP ngày 16-1-2008 quy định xử phạt VPHC trong lĩnh vực thương mại, tại Điều 33 (Vi phạm quy định về hàng hoá cấm XK, cấm NK hoặc tạm ngừng XK, NK), Điều 34 (Vi phạm quy định về hạn ngạch, giấy phép XK, giấy phép NK hàng hoá), Điều 35 (Vi phạm quy định về uỷ thác XK, NK hàng hoá), Điều 37 (Vi phạm quy định về chuyển khẩu hàng hoá), Điều 40 (Vi phạm quy định về xuất xứ hàng hoá XK, NK)... cũng quy định các hình thức xử phạt bổ sung và biện pháp khắc phục hậu quả gồm: Tịch thu hàng hoá, buộc tiêu huỷ, buộc đưa ra khỏi lãnh thổ Việt Nam hoặc đình chỉ XK... Rõ ràng, với những quy định này sẽ gây khó khăn trong xử lý hành vi vi phạm phát hiện trong KTSTQ vì khi hàng hoá đã thông quan thì không còn điều kiện để thực hiện chế tài.
Để khắc phục những hạn chế này, cần thiết sửa đổi bổ sung Nghị định 97/2007/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính trong lĩnh vực hải quan, Nghị định 06/2008/NĐ-CP quy định xử phạt VPHC trong lĩnh vực thương mại theo hướng:
Đối với hình thức xử phạt bổ sung là tịch thu hàng hoá: Đề nghị bổ sung điều khoản: “Nếu tang vật vi phạm không còn thì buộc nộp lại số tiền bằng trị giá tang vật vi phạm”. Quy định như vậy sẽ thống nhất với một số điều khoản khác về hình thức xử phạt bổ sung và biện pháp khắc phục hậu quả, như Điều 38 Nghị định 06/2008/NĐ-CP (Tịch thu hàng hoá, phuơng tiện quá cảnh hoặc số tiền thu được do thực hiện hành vi vi phạm hành chính quy định tại Khoản 4 Điều này); Điều 12, Điều 13 Nghị định 97/2007/NĐ-CP (Tịch thu tang vật vi phạm; trường hợp tang vật không còn thì buộc nộp lại số tiền bằng trị giá tang vật vi phạm); Điều 11 Nghị định 107/2008/NĐ-CP (Tịch thu hàng hoá vi phạm; tịch thu số tiền thu được do vi phạm hành chính...).
Đối với hình thức “Buộc đưa ra khỏi lãnh thổ Việt Nam hoặc đình chỉ XK”; trong trường hợp phát hiện khi thực hiện KTSTQ, tức là khi hàng hoá đã thông quan, đề nghị quy định rõ “Buộc đưa ra khỏi lãnh thổ Việt Nam hoặc đình chỉ XK cho đến khi đáp ứng đủ điều kiện thông quan theo quy định”.
Những vướng mắc vừa nêu là khó khăn trong thực tiễn từ công tác xử lý phát hiện trong quá trình KTSTQ, cần được kịp thời xem xét, khắc phục để đảm bảo tính pháp luật và tính tuân thủ pháp luật đối với các tổ chức, cá nhân hoạt động kinh doanh XNK.