Theo Nghị định, cơ cấu tổ chức của Viện gồm: Hội đồng viện, Viện trưởng và các Phó Viện trưởng, Hội đồng khoa học, các đơn vị nghiên cứu và phát triển và các đơn vị khác.
Cơ chế hoạt động của Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam- Hàn Quốc
Viện được thực hiện cơ chế tự chủ áp dụng cho các đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư theo Nghị định số 16/2015/NĐ-CP ngày 14/2/2015 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập và các quy định pháp luật khác có liên quan. Ngoài ra, Viện được thực hiện các cơ chế, chính sách đặc thù riêng.
Viện quyết định: kế hoạch hoạt động và các biện pháp để thực hiện các nhiệm vụ như phát triển công nghệ nguồn, nghiên cứu nâng cấp các công nghệ phục vụ các ngành công nghiệp chiến lược, then chốt…; thành lập, tổ chức lại, giải thể và quy định chức năng, nhiệm vụ, điều lệ tổ chức và hoạt động của các đơn vị có tư cách pháp nhân và các đơn vị khác thuộc viện; cơ cấu và số lượng cá nhân trực tiếp hoạt động khoa học và công nghệ tại viện; quyết định tuyển dụng, cho thôi việc, sử dụng, bổ nhiệm, miễn nhiệm và thực hiện chế độ đãi ngộ, khen, kỷ luật và quản lý đối với các cá nhân làm việc tại Viện…
Viện hoạt động theo cơ chế đặt hàng của Nhà nước, doanh nghiệp và các tổ chức, cá nhân. Trong thời gian đầu hoạt động, Viện được nhà nước hỗ trợ theo quy định tại Điều 4 của Nghị định này.
Viện được áp dụng cơ chế tài chính đặc thù
Nhà nước bố trí vốn đối ứng cho Dự án hợp tác xây dựng Viện theo cam kết tại Hiệp định giữa Chính phủ Việt Nam và Chính phủ Hàn Quốc, đồng thời hỗ trợ vốn đầu tư phát triển từ nguồn ngân sách nhà nước và huy động các nguồn vốn hợp pháp khác để xây dựng cơ sở hạ tầng trang thiết bị nghiên cứu hiện đại cho Viện.
Bên cạnh đó, Nhà nước hỗ trợ toàn bộ kinh phí hoạt động thường xuyên hằng năm và các khoản thuế phải nộp của Viện trong thời gian tối đa là 10 năm. Mức hỗ trợ căn cứ vào kết quả hoạt động hàng năm, định kỳ 3 năm và kết quả kiểm toán hằng năm của Viện, theo hướng tăng dần tự chủ về kinh phí.
Đặc biệt, Viện được áp dụng cơ chế tài chính đặc thù tương tự như đối với các trường đại học tiên tiến được thành lập trên cơ sở Hiệp định giữa Chính phủ Việt Nam và Chính phủ nước ngoài, bảo đảm khuyến khích các nhà khoa học trình độ cao là người nước ngoài, người Việt Nam ở trong nước và ở nước ngoài tham gia hoạt động khoa học và công nghệ tại Viện.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15 tháng 7 năm 2015./.