Nghị định này quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành các Điều 52, 53, 54, 58 và 63 của Luật Khoa học và công nghệ về đầu tư, cơ chế tài chính và một số nội dung cần thiết về dự toán ngân sách nhà nước, nội dung chi cho hoạt động khoa học và công nghệ và quản lý nhà nước về quỹ phát triển khoa học và công nghệ.
Theo Nghị định, việc chi phát triển tiềm lực khoa học và công nghệ, đầu tư và hỗ trợ xây dựng cơ sở vật chất - kỹ thuật cho các tổ chức khoa học và công nghệ không phân biệt thành phần kinh tế theo các nội dung như: Xây dựng mới, nâng cấp, tăng cường năng lực nghiên cứu của các tổ chức khoa học và công nghệ bao gồm Phòng thí nghiệm, xưởng thực nghiệm, trạm thực nghiệm; trung tâm phân tích, kiểm nghiệm, kiểm định, hiệu chuẩn và đánh giá sự phù hợp; các cơ sở thiết kế, chế tạo, thử nghiệm chuyên dụng; các cơ sở ứng dụng và chuyển giao công nghệ, tiêu chuẩn - đo lường - chất lượng; tổ chức trung gian của thị trường khoa học và công nghệ. Xây dựng khu nghiên cứu và phát triển cho các khu công nghệ cao. Xây dựng hạ tầng thông tin, cơ sở dữ liệu quốc gia và thống kê về khoa học và công nghệ và các hoạt động đầu tư khác phục vụ phát triển khoa học và công nghệ.
Cũng theo Nghị định, sau khi tổng dự toán chi ngân sách được Quốc hội thông qua, ngân sách cho khoa học và công nghệ được phân bổ như sau: Kinh phí đầu tư phát triển khoa học và công nghệ, kinh phí chi thường xuyên, kinh phí dự phòng trong kinh phí sự nghiệp khoa học và công nghệ được phân bổ theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước. Kinh phí dành cho việc thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ được phân bổ như sau: kinh phí thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia được chuyển vào Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia; Kinh phí thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp Bộ, cấp tỉnh được chuyển vào quỹ phát triển khoa học và công nghệ của Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương. Đối với bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, tỉnh thành phố trực thuộc trung ương chưa hoặc không thành lập quỹ phát triển khoa học và công nghệ thì kinh phí này được chuyển vào đơn vị dự toán cấp I của các bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và Sở Khoa học và Công nghệ các tính, thành phố trực thuộc Trung ương. Sau khi ký hợp đồng khoa học và công nghệ, kinh phí thực hiện nhiệm vụ và công nghệ các cấp được cấp vào tài khoản tiền gửi của đơn vị chủ trì nhiệm vụ khoa học và công nghệ tại Kho bạc Nhà nước
Nhà nước bảo đảm tập trung đủ kinh phí để thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ đặc biệt. Kinh phí được huy động từ nguồn ngân sách nhà nước và các nguồn hợp pháp khác. Kinh phí để thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ đặc biệt được phê duyệt chi tiết theo từng nguồn cụ thể trong tổng kinh phí thực hiện từng nhiệm vụ khoa học và công nghệ đặc biệt. Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ chịu trách nhiệm trình Thủ tướng Chính phủ về nhiệm vụ khoa học và công nghệ đặc biệt trong đó có tổng mức đầu tư, cơ cấu kinh phí để thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ đặc biệt. Thủ tướng Chính phủ quyết định theo thẩm quyền hoặc trình Quốc hội xem xét quyết định chủ trương đầu tư.
Ngoài ra, Nghị định còn quy định Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương được thành lập khi có đủ các điều kiện về nhân lực, cơ sở vật chất - kỹ thuật đảm bảo vận hành Quỹ; biên chế sự nghiệp được điều tiết trong phạm vi tổng biên chế sự nghiệp hiện có; đảm bảo cơ cấu nguồn vốn từ ngân sách nhà nước và các nguồn khác; Không làm tăng chi phí quản lý từ ngân sách nhà nước.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 12 năm 2014. Bãi bỏ Quyết định số 117/2005/QĐ-TTg ngày 27 tháng 5 năm 2005 của Thủ tướng Chính phủ về ban hành Điều lệ mẫu tổ chức và hoạt động của Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.