Theo hồi ký của ông Vũ Đình Hòe, trước khi Bộ Tư pháp đi kháng chiến, trụ sở cơ quan Bộ đóng ở phố Nguyễn Tri Phương, cạnh Cột cờ Hà Nội ngày nay. Trước tình hình căng thẳng vào cuối năm 1946, Văn phòng Chủ tịch Chính phủ đã phác kế hoạch chuyển dời cơ quan và phân tán nhân viên, gửi đến từng Bộ để xây dựng kế hoạch cụ thể của mình. Tại thời điểm ấy, cơ quan Bộ Tư pháp thu gọn còn khoảng 15 người.
Một vấn đề lớn đặt ra lúc đó là trong điều kiện kháng chiến, cán bộ ít, giao thông liên lạc khó khăn, làm thế nào để lãnh đạo, chỉ đạo công tác tư pháp trong cả nước. Một quyết định cực kỳ sáng suốt đã được đưa ra: chia địa bàn hoạt động tư pháp thành các liên khu, có bộ máy trực tiếp thay mặt Bộ thực hiện sự chỉ đạo.
Sáng ngày 20 tháng 12 năm 1946 mọi người thu gom tài liệu cần cho công việc hàng ngày, lên cả chiếc xe vận tải của Bộ về một địa điểm định sẵn ở Hà Đông rồi tiếp tục hành trình men sông Nhuệ về làng Cự Đà. Tại đây, Bộ có cuộc làm việc với 5 Giám đốc Tư pháp liên khu được giao nhiệm vụ thay mặt Bộ chỉ đạo hoạt động của các tòa án trong Khu, làm tư vấn pháp luật cho Ủy ban kháng chiến hành chính về những việc tư pháp mà Bộ ủy quyền quyết định cho Ủy ban. Cuộc họp thống nhất cách thức giữ liên lạc thông suốt, bí mật giữa Bộ và các Giám đốc tư pháp; định ra mật mã, mật lệnh, khẩu lệnh, bí danh, trạm mật, đường giây giao thông mật. Việc liên lạc thuộc loại tuyệt đối mật giữa Bộ trưởng và các Giám đốc được giao cho một cán bộ của Bộ, được Bộ trưởng Vũ Đình Hòe tin cậy là Vũ Bội Liêu, người đã có công trốn vào Hà Nội sau khi toàn quốc kháng chiến nổ ra, tìm được luật sư Đinh Gia Trinh và một số cán bộ khác của Bộ Tư pháp còn bị kẹt lại, dẫn đường đuổi kịp đoàn của Bộ đi kháng chiến. Sau cuộc họp này, cơ quan Bộ chuyển về huyện lỵ Chương Mỹ thuộc Hà Tây cũ.
Đêm 30 Tết năm 1947 tại Hội nghị chớp nhoáng, theo đề nghị của Chủ tịch Hồ Chí Minh, Hội đồng Chính phủ quyết định chuyển toàn bộ cơ quan đầu não kháng chiến lên chiến khu Tuyên Quang theo phương châm: “Mau lẹ, kịp thời, tuyệt đối bí mật”.
Chiều tối hôm sau, cơ quan Bộ chia làm hai đoàn đi lên chiến khu. Một đoàn gồm cán bộ văn phòng, hậu cần đi bằng hai thuyền gỗ lớn thuê của dân, xuất phát từ Ngã ba Thá, ngược sông Bùi (một nhánh của sông Đáy) lên sông Hồng, sông Chảy. Đoàn khác đi theo đường bộ bằng xe con, xe tải của Bộ, xuống Phủ Nho Quan, qua dốc Cun, sang thị xã Hòa Bình, đóng bè xuôi sông Đà, tới Ngã ba Bạch Hạc thì đi bộ tiếp lên Tuyên Qung. Hai đoàn gặp nhau ở Bến Bình Ca là cửa ngõ của An toàn khu Tân Trào, bên trong là Châu lỵ tự do, huyện Sơn Dương.
Đến đầu năm 1948, thực hiện chủ trương phân tán, bảo toàn sự lãnh đạo, cơ quan Bộ chia làm hai bộ phận: một bộ phận do Bộ trưởng Vũ Đình Hòe phụ trách (Cơ quan A), đến ở và làm việc tại chân núi Sáng trong thung lũng Vai Dâu, huyện Đại Từ, Thái Nguyên; một bộ phận do Thứ trưởng Trần Công Tường phụ trách (cơ quan B) đến ở và làm việc tại Bình Di, Lập Thạch, Vĩnh Phúc.
Ngày 6/10/1949, thực hiện Nghị quyết của Hội đồng Chính phủ về củng cố văn phòng của các Bộ, hai cơ quan của Bộ hợp thành một và chuyển đến thôn Mới, xã Minh Thanh, huyện Sơn Dương, tỉnh Tuyên Quang, nơi ngày nay xây dựng thành Khu di tích của Bộ Tư pháp.
Khi đến thôn Mới, cơ quan Bộ có khoảng 30 người, Bộ trưởng là ông Vũ Đình Hòe (bí danh là Khiêm), Thứ trưởng kiêm Bí thư Đảng đoàn là ông Trần Công Tường (bí danh là Tâm). Tại địa điểm này, cơ quan Bộ Tư pháp đã ở, làm việc từ cuối năm 1949 đến tháng 9/1950. Di tích lịch sử Bộ Tư pháp tại thôn Mới là nơi chứng kiến những dấu ấn quan trọng của Bộ Tư pháp. Từ nơi này, Bộ Tư pháp đã ban hành Thông tư về giảm tô; đề xuất việc cải cách bộ máy tư pháp, nghiên cứu sửa đổi pháp luật tố tụng và trên cơ sở đó, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã ký Sắc lệnh số 85/SL ban hành lệnh cải cách tư pháp trên toàn quốc và ban hành luật tố tụng; tổ chức các lớp bồi dưỡng, tập huấn cho thẩm phán, luật sư và các cán bộ tư pháp với giảng viên là lãnh đạo các Bộ và các nhà nghiên cứu mác – xít như Trần Văn Giàu, Nguyễn Khánh Toàn, Bùi Công Trừng, Lê Văn Hiến…
Trong thời gian đóng ở thôn Mới, xã Minh Thanh, huyện Sơn Dương, tỉnh Thái Nguyên, đã diễn ra nhiều cải cách về pháp luật, tư pháp. Trong bản kiểm thảo công việc của Bộ và Ngành tư pháp từ đầu năm 1949, lãnh đạo Bộ đã xác định về vấn đề tư tưởng pháp lý, trong đội ngũ cán bộ tư pháp còn có tư tưởng trừu tượng, pháp lý vĩnh viễn, trên và ngoài đời sống xã hội. Cần phải có tư tưởng mới, đó là pháp lý linh động và chuyển biến cùng nhu cầu đời sống xã hội. Muốn phục vụ nhân dân thì phải gần nhân dân, tìm công lý trong nhân dân, của nhân dân. Đây là sự chuyển biến lớn trong nhận thức, tư duy pháp lý, mở đầu cho cải cách tư pháp lần thứ nhất mang tính cách mạng, dân chủ, nhân dân. Không phải ngẫu nhiên mà Hội nghị tư pháp trong 2 ngày 30 – 31 tháng 10 năm 1949 đã thảo luận, ra Nghị quyết về việc cán bộ tư pháp học tập Hồ Chủ tịch ở bốn phương diện: quan điểm nhân dân, chính sách đại đoàn kết, phương pháp làm việc, tác phong. Điều đó không phải là giáo điều, sùng bái cá nhân mà xuất phát từ nhu cầu nội tại của việc cải cách, đối mới mang tính cách mạng của hoạt động tư pháp dưới ánh hào quang của một nhân cách lớn, một trí tuệ anh minh - Hồ Chí Minh.
Cũng tại địa danh này, Hội nghị học tập tư pháp trung ương đã vinh dự được đón Bác Hồ tới dự. Tại đây, Bác đã căn dặn cán bộ, công chức ngành Tư pháp, nêu một tư tưởng lớn của nền tư pháp kiểu mới: Tư pháp là vấn đề ở đời và làm người. Đọc lại Bức điện văn của Hội nghị này gửi Chủ tịch Hồ Chí Minh, chúng ta càng thấu hiểu tính cụ thể, thiết thực, cách mạng của công tác tư pháp ngày đó và cả bây giờ: “Nhân dịp Lễ bế mạc Hội nghị học tập tư pháp trung ương, chúng tôi, đại biểu tư pháp các liên khu Việt Bắc, 3, 4 và miền Nam Trung bộ thành kính tỏ lòng biết ơn Chủ tịch đã săn sóc đến Hội nghị. Nguyện về địa phương thực hiện và phổ biến lời dạy của Chủ tịch trong dịp Người qua thăm hội nghị: tăng gia sản xuất, quân sự hóa, giữ bí mật. Nguyện tích cực:
1. Thi hành những luật lệ chiến tranh và luật lệ dân sinh;
2. Thi hành những luật pháp bảo vệ chính quyền dân chủ nhân dân chuyên chính;
3. Tranh thủ chính quyền với địch trong vùng tạm chiếm;
4. Củng cố Ban tư pháp xã để góp phần vào công cuộc hoàn thành nhiệm vụ chuẩn bị, chuyển mạnh sang tổng phản công”.
Do diễn biến của cuộc kháng chiến, theo quyết định của Chính phủ, tháng 9/1950, cơ quan Bộ Tư pháp đã rời thôn Mới, xã Minh Thanh ngược dòng sông Lô lên Chiêm Hóa.
Sau khi hòa bình lập lại, Bộ Tư pháp cùng Chính phủ từ Việt Bắc -Thủ đô kháng chiến về lại Thủ đô Hà Nội cho đến khi không còn Bộ Tư pháp (tháng 7 năm 1960). Đáng tiếc là chúng ta chưa có tư liệu về nơi đóng trụ sở của Bộ Tư pháp trong thời kỳ này. Tuy nhiên, khó khăn là điều có thể hình dung được trong điều kiện sau 9 năm kháng chiến, kinh tế chưa kịp phục hồi, công việc tư pháp thì bề bộn. Ngày 22 tháng 7 năm 1957, Bác Hồ đến dự và nói chuyện tại Hội nghị Tư pháp toàn quốc lần thứ 10. Bác chia sẻ với Ngành tư pháp: “Khó khăn của Ngành tư pháp là công tác chưa ổn định thiếu thốn mặt này mặt khác. Công việc nhiều và mới, cán bộ ít…Cán bộ tư pháp còn gặp khó khăn nữa là ít được học tập, do đó, đường lối, phương pháp công tác và tư tưởng bị ảnh hưởng. Tuy vậy trong thời gian kháng chiến và hơn 2 năm hòa bình, cán bộ tư pháp có cố gắng nhiều và có thành tích. Trung ương Đảng và Chính phủ rất cảm thông những khó khăn của cán bộ tư pháp, nhưng phải giải quyết dần dần”.