Nghị định số 42/2019/NĐ-CP quy định rõ mức phạt đối với vi phạm nghiêm trọng trong khai thác thủy sản. Theo đó, phạt tiền từ 300 triệu đồng đến 500 triệu đồng đối với chủ tàu cá có một trong các hành vi vi phạm sau: Sử dụng tàu cá có chiều dài lớn nhất từ 15 mét đến dưới 24 mét không có Giấy phép khai thác thủy sản hoặc Giấy phép khai thác thủy sản đã hết hạn khai thác thủy sản trong vùng biển Việt Nam; không trang bị thiết bị giám sát hành trình trên tàu cá có chiều dài lớn nhất từ 15 mét đến dưới 24 mét theo quy định.
Phạt tiền từ 500 triệu đồng đến 700 triệu đồng đối với chủ tàu cá có một trong các hành vi vi phạm sau: Sử dụng tàu cá có chiều dài lớn nhất từ 15 mét đến dưới 24 mét khai thác thủy sản trong vùng biển Việt Nam không có Giấy phép khai thác thủy sản hoặc Giấy phép khai thác thủy sản đã hết hạn trong trường hợp tái phạm hoặc vi phạm nhiều lần; Không ghi nhật ký khai thác thủy sản, nhật ký thu mua chuyển tải thủy sản đối với tàu có chiều dài lớn nhất từ 24 mét trở lên trong trường hợp tái phạm hoặc vi phạm nhiều lần; che giấu, giả mạo hoặc hủy chứng cứ vi phạm quy định về khai thác, bảo vệ nguồn lợi thủy sản; khai thác thủy sản quá hạn mức do Tổ chức nghề cá khu vực cấp phép.
Đặc biệt, phạt tiền từ 800 triệu đồng đến 1 tỷ đồng đối với chủ tàu cá có một trong các hành vi vi phạm sau: Sử dụng tàu cá có chiều dài lớn nhất từ 24 mét trở lên không có Giấy phép khai thác thủy sản hoặc Giấy phép khai thác thủy sản đã hết hạn khai thác thủy sản trong vùng biển Việt Nam; khai thác thủy sản tại vùng biển của quốc gia, vùng lãnh thổ khác hoặc vùng biển thuộc quyền quản lý của Tổ chức nghề cá khu vực mà không có giấy phép hoặc giấy phép hết hạn, hoặc không có giấy chấp thuận/giấy chấp thuận hết hạn; tàu cá nước ngoài hoạt động trong vùng biển Việt Nam không có giấy phép hoặc giấy phép hết hạn.
Bên cạnh đó, còn áp dụng hình thức xử phạt bổ sung gồm: Tịch thu thủy sản khai thác, chuyển tải trái phép đối với hành vi vi phạm quy định; tịch thu tàu cá đối với hành vi vi phạm; tước quyền sử dụng Giấy phép khai thác thủy sản từ 6 tháng đến 12 tháng đối với hành vi vi phạm quy định…
Biện pháp khắc phục hậu quả là buộc chủ tàu cá phải chi trả toàn bộ kinh phí đưa ngư dân bị cơ quan có thẩm quyền nước ngoài bắt giữ về nước và các chi phí liên quan khác đối với hành vi vi phạm quy định.
Nghị định nêu rõ, thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thủy sản là một năm; trừ các trường hợp vi phạm hành chính về sản xuất, mua bán, nhập khẩu, xuất khẩu tàu cá, giống thủy sản, thức ăn thủy sản, sản phẩm xử lý môi trường nuôi trồng thủy sản, bảo vệ nguồn lợi thủy sản thì thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính là hai năm.