Ý kiến thành viên Hội đồng khoa học của Bộ Tư pháp chủ yếu bàn về sự cần thiết ban hành, đối tượng, phạm vi điều chỉnh, sự phù hợp với hệ thống pháp luật hiện hành và tính khả thi của các dự án luật, pháp lệnh đề nghị đưa vào Chương trình để bảo đảm tính đồng bộ, tính thống nhất và khả thi của hệ thống pháp luật. Hội đồng cũng cho ý kiến về việc lập dự kiến đề nghị của Chính phủ về Chương trình xây dựng luật, pháp lệnh của Quốc hội nhiệm kỳ Khóa XIII phải bảo đảm thực hiện theo chủ trương, đường lối của Nghị quyết Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ XI trong đó phải chú trọng đến các lĩnh vực bảo đảm tính đột phá trong việc xây dựng và hoàn thiện hệ thống pháp luật. Việc lập dự kiến Chương trình xây dựng luật, pháp lệnh của Quốc hội nhiệm kỳ Khóa XIII cũng cần được đặt trọng tâm vào việc hoàn thiện thể chế kinh tế thị trường xã hội chủ nghĩa và tổ chức bộ máy nhà nước đồng bộ với những định hướng sửa đổi, bổ sung Hiến pháp năm 1992; đồng thời dựa trên cơ sở rà soát các văn bản pháp luật theo Báo cáo sơ kết 5 năm thực hiện Nghị quyết số 48-NQ/TW của Bộ Chính trị về Chiến lược xây dựng và hoàn thiện hệ thống pháp luật Việt Nam đến năm 2010, định hướng đến năm 2020, trong đó phải chú trọng và tập trung vào lĩnh vực được đánh giá là còn hạn chế trong nhiệm kỳ Quốc hội Khóa XII là các văn bản bảo đảm thực hiện các quyền cơ bản của công dân như Luật Tiếp cận thông tin, Luật về Hội, Luật Biểu tình, Luật Trưng cầu dân ý…..
Theo báo cáo, tính đến ngày 10/5/2011, Bộ Tư pháp đã nhận được 117 dự án đề nghị đưa vào Chương trình (105 luật, 10 pháp lệnh và 02 Nghị quyết của Quốc hội) của 19 bộ, cơ quan ngang bộ. Trên cơ sở đề nghị của các bộ, cơ quan ngang bộ về việc lập dự kiến Chương trình xây dựng luật, pháp lệnh của Quốc hội nhiệm kỳ Khóa XIII, Bộ Tư pháp đã phối hợp với Vụ pháp luật Văn phòng Chính phủ và Vụ pháp luật Văn phòng Quốc hội đã làm việc với 11 bộ, cơ quan ngang bộ để bàn về sự cần thiết ban hành và việc hoàn thiện hồ sơ của các dự án luật, pháp lệnh đề nghị đưa vào Chương trình xây dựng luật, pháp lệnh của Quốc hội nhiệm kỳ Khóa XIII. Mặc dù đã được chuẩn bị lại và hoàn thiện hồ sơ theo tinh thần các cuộc họp, nhưng theo đánh giá của Hội đồng khoa học Bộ Tư pháp, nhiều dự án luật, pháp lệnh vẫn chưa xác định rõ được sự cần thiết ban hành, phạm vi và đối tượng điều chỉnh và chưa có cái nhìn tổng thể và hệ thống về toàn bộ hệ thống pháp luật nói chung nên cần phải tiếp tục nghiên cứu và hoàn thiện.
Hội đồng khoa học nhất trí sự cần thiết ban hành một số dự án luật, pháp lệnh: Luật Bí mật nhà nước, Luật Bán đấu giá tài sản, Luật Đăng ký bất động sản, Pháp lệnh Truy nã tội phạm, Luật Quản lý ngoại thương…). Tuy nhiên, một số thành viên Hội đồng khoa học bày tỏ sự băn khoăn về việc xây dựng Luật Truy nã tội phạm thay vì ban hành pháp lệnh vì dự án này liên quan đến quyền công dân và việc ban hành luật cũng phù hợp với xu hướng giảm ban hành văn bản dưới hình thức pháp lệnh.
Đối với một số dự án luật và pháp lệnh, Hội đồng khoa học đề nghị xác định rõ sự cần thiết ban hành, mối quan hệ giữa luật, pháp lệnh với các quy định của pháp luật có liên quan, đồng thời cũng khuyến nghị nên mở rộng phạm vi và đối tượng điều chỉnh, đồng thời phải đặt các dự án Luật này trong mối quan hệ với các dự án luật, pháp lệnh được đề nghị đưa vào Chương trình xây dựng luật, pháp lệnh nhiệm kỳ Quốc hội khóa XIII gồm các dự án luật: Luật Hòa giải cơ sở, Luật Nông nghiệp, Luật Tiếp cận thông tin, Luật Ban hành quyết định hành chính. Đối với các dự án luật sửa đổi bổ sung Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt, Luật Thuế thu nhập cá nhân, Luật Thuế giá trị gia tăng, Hội đồng Khoa học cũng khuyến nghị nên cân nhắc về thời điểm ban hành và nên ban hành theo thủ tục và trình tự rút gọn theo quy trình một luật sửa đổi bổ sung một số điều các luật về thuế.
Một số dự án như Luật Phòng chống tội phạm có tổ chức, Luật Căn cước công dân, Pháp lệnh Bảo vệ dân phố, Luật Tiền lương tối thiểu, Luật Đăng ký giao dịch bảo đảm, Luật Nhà giáo, Hội đồng khoa học khuyến nghị các dự án này cần có thời gian nghiên cứu thêm, cần xác định rõ hơn sự cần thiết ban hành, thời điểm ban hành để bảo đảm tính đồng bộ với hệ thống pháp luật và các văn bản có liên quan. Đối với một số dự án đang được điều chỉnh bằng các văn bản của Chính phủ đang phát huy hiệu quả thì chưa cần thiết bàn hành luật. Về Luật Tài nguyên môi trường biển và hải đảo nên cân nhắc về phạm vi và đối tượng điều chỉnh vì Luật Biển Việt Nam đã có hẳn một chương riêng quy định về vấn đề này. Đối với Luật Tiết kiệm và sử dụng hiệu quả nguồn tài nguyên thiên nhiên, Hội đồng khoa học cũng khuyến nghị nên cân nhắc về sự cần thiết ban hành vì hiện tại đã có nhiều văn bản pháp luật quy định về vấn đề này như Luật Đất đai, Luật Tài nguyên nước.
Hội đồng khoa học cũng nhất trí cao và khuyến nghị nên khuyến nghị các bộ, cơ quan ngang bộ đề xuất các dự án luật, pháp lệnh liên quan đến việc bảo vệ các quyền cơ bản của công dân và các dự án luật có tính đột phá theo yêu cầu của Nghị quyết Đại hội Đảng Thứ XI về hoàn thiện hệ thống pháp luật Việt Nam giai đoạn 2011-2016.