Tuy mới được kiện toàn và chính thức đi vào hoạt động trong 6 tháng cuối năm 2012 nhưng Hội đồng khoa học Bộ Tư pháp đã kịp thời triển khai một số công việc như thảo luận, tư vấn Dự thảo Luật Hôn nhân và gia đình sửa đổi; Góp ý về hệ tiêu chí và quy trình đánh giá hiệu quả thi hành Luật Trách nhiệm bồi thường của Nhà nước. Những ý kiến thảo luận của Hộ đồng đã tạo ra được sự thống nhất tương đối đối với những vấn đề được nêu ra. Kết luận của Hội đồng có ý nghĩ rất lớn cho Ban soạn thảo các sự án văn bản quy phạm pháp luật mà Bộ Tư pháp soạn thảo hay thẩm định.
Tuy nhiên, theo nhận định của Bộ trưởng – Chủ tịch Hội đồng khoa học Hà Hùng Cường thì trong năm 2012, hoạt động của Hội đồng chưa được quan tâm đúng mức nên chưa hoàn toàn đáp ứng được các yêu cầu đề ra. Bộ trưởng đề nghị trong 2013, Hội đồng cần có những chuyển biến rõ nét, bám sát các nhiệm vụ trọng tâm để phục vụ đắc lực hơn cho sự nghiệp chung của Bộ, ngành.
Thảo luận tại buổi tổng kết, các thành viên của Hội đồng đã đóng góp nhiều ý kiến để nâng cao chất lượng hoạt động của Hội đồng trong năm 2013 như: cần đổi mới cách thức tổ chức họp Hội đồng hàng quý và hàng tháng; Hội đồng cần quan tâm cho ý kiến về các công việc của Bộ, ngành như tổ chức bộ máy, đào tạo bồi dưỡng…
Phát biểu tại buổi tổng kết, Thứ trưởng Hoàng Thế Liên – Phó Chủ tịch thường trực Hội đồng khoa học Bộ Tư pháp nhấn mạnh: Hội đồng cần có sự chủ động hơn trong các hoạt động, đặc biệt cần có chương trình hoạt động cụ thể để phát huy trí tuệ tập thể của các nhà khoa học, đóng góp xứng đáng vào sự phát triển của Bộ, ngành.